Universitas Ibrahimy memiliki 7 Fakultas dan 27 Program Studi
- Program Pascasarjana
- S2 – Hukum Ekonomi Syariah
- S2 – Pendidikan Agama Islam
- Fakultas Syari’ah dan Ekonomi Islam
- S1 – Hukum Keluarga Islam
- S1 – Hukum Ekonomi Syariah
- S1 – Manajemen dan Bisnis Syariah
- S1 – Ekonomi Syariah
- S1 – Akuntansi Syariah
- Fakultas Dakwah
- S1 – Bimbingan dan Penyuluhan Islam
- S1 – Komunikasi dan Penyiaran Islam
- Fakultas Tarbiyah
- S1 – Pendidikan Agama Islam
- S1 – Pendidikan Bahasa Arab
- S1 – Pendidikan Islam Anak Usia Dini
- S1 – Tadris Matematika
- Fakultas Sains dan Teknologi
- S1 – Arsitektur
- S1 – Budidaya Perikanan
- D3 – Teknologi Hasil Perikanan
- S1 – Ilmu Komputer
- S1 – Manajemen Informatika
- S1 – Pengolahan Hasil Perikanan
- S1 – Sistem Informasi
- S1 – Teknologi Informasi
- Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora
- S1 – Akuntansi
- S1 -Hukum
- S1 -Pendidikan Bahasa Inggris
- S1 -Psikologi
- Fakultas Ilmu Kesehatan
- S1 – Kebidanan
- S1 – Farmasi